Das im Jahre 904 erstmals erwähnte Zapfendorf gehörte Jahrhunderte lang zur Pfarrei Scheßlitz. Seit 1684 ist es eigenständige Pfarrei, zu der heute die Orte Zapfendorf, Lauf und Roth gehören.
Einer mittelalterlichen Vorgängerkirche folgte im ersten Drittel des 18. Jahrhunderts der barocke Neubau der Pfarrkirche, die 1736 eingeweiht wurde. Die Explosion eines Munitionszuges zerstörte am 1. April 1945 den gesamten Ort Zapfendorf. Von der Pfarrkirche blieben nur die Mauern des Langhauses sowie des Turms.
Im alten Stil wieder aufgebaut konnte St. Peter und Paul am 15.08.1949 durch Erzbischof Joseph Otto Kolb neu konsekriert werden. Nach und nach wurde die Inneneinrichtung in modernem Stil erweitert. Den 1959 errichteten Hochaltar schuf der Bamberger Kunstmaler Alfred Heller. Das moderne Altarbild zeigt die Anbetung des Himmels und der Erde.
Als Abschluss des Wiederaufbaus der Kirche erfolgte im Jahr 1980 die Wiedererrichtung des Turmhelms, der in barocker Form Ortsbild von Zapfendorf prägt.
Patronatsfest
29. Juni
Kirchweihfest
Sonntag nach dem 29. Juni